En 1949, 30 años después de su inesperado fallecimiento, el reverendo arzobispo de Caracas monseñor Lucas Guillermo Castillo, con optimista convicción presentó ante la Santa Sede del Vaticano la información sobre las virtudes morales y espirituales del médico José Gregorio Hernández Cisneros, para que la suprema jerarquía del catolicismo considerara el inicio de la canonización del benemérito y piadoso médico. Dicho informe es examinado exhaustivamente por la Congregación para las Causas de los Santos de la Santa Sede, y en 1972 mediante decreto nihil obstat le otorga la cualidad de «Siervo de Dios», primordial prerrequisito de la iglesia católica en el proceso de canonización.
En 1986, el papa Juan Pablo II lo proclama «Venerable», segundo escalón de la santificación por la Santa Sede. El 27 de abril de 2020, la Comisión Teológica del Vaticano reconoce el milagro del Venerable galeno en la sanación de una niña de 10 años, que en 2017 cuando acompañaba a su padre fueron atracados y la niña recibe un disparo en la cabeza con pérdida de masa encefálica, después de operada los médicos le pronosticaron una discapacidad permanente.
Su madre, reconocida devota del venerable José Gregorio Hernández, con sumo fervor le implora por la salud de su pequeña hija y, milagrosamente, se recupera sin secuelas. El pasado 18 de junio, el papa Francisco dictó el decreto aceptando el milagro atribuido al susodicho Venerable, notificando que en el primer trimestre de 2021 se le hará la solemne ceremonia de beatificación.
