La cantera de Atlético Nacional ha sido una de las más importantes del fútbol colombiano a lo largo de su historia, jugadores como Camilo Zúñiga, Juan Pablo Ángel, David Ospina, Víctor Hugo Aristizábal y Aldo Leao Ramírez salieron de la institución como ídolos y grandes figuras en el fútbol mundial, siendo vendidos por Atlético Nacional a los mejores clubes europeos.
Los canteranos en su preparación tienen como base las diferentes escuelas de fútbol. En Medellín y municipios de Antioquia se manejan asociaciones de futbolistas que Atlético Nacional sustenta con alianzas en diferentes clubes del país, tales como Valledupar FC y Cortuluá, donde le prestan jugadores al conjunto antioqueño para que este los desarrolle futbolísticamente y así dar un salto a un equipo grande del país. En el exterior Atlético Nacional cuenta con escuelas en Miami y Orlando (Estados Unidos), y se plantea en un futuro alianzas con clubes de la MLS.
Al equipo Atlético Nacional le ha favorecido todas estas ventas, ha recaudado 85 mil millones de euros que le han servido para contratar a ídolos como Dorlan Pabón y el defensa central Cristian Zapata fortaleciendo al conjunto verdolaga en estos últimos meses. Otro aspecto positivo de estas negociaciones ha sido el mejoramiento de su sede deportiva en Guarne.
