El complejo cenagoso de Zapatosa intenta respirar en el turbio ambiente que vive. La mano indiscriminada del hombre que con pesca ilegal, extracción de material de arrastre, explotación de carbón y la misma naturaleza, tienden a golpear la ciénaga continental más grande de Colombia.
Históricamente la Zapatosa ha sufrido problemas de colmatación que sumados a la alta sedimentación han venido limitando, cada vez más, la capacidad amortiguadora de las aguas de los afluentes que surten a la ciénaga. En las últimas décadas, los problemas son más visibles debido al notable bajón del espejo de agua dulce.
El problema de sedimentación recae en diferentes factores, el excongresista Félix Valera expuso en el Congreso de la República que según un estudio en la ciénaga, la sedimentación en Zapatosa, “no está siendo causada por el polvillo y desechos de carbón, que son trasportados hasta sus puertos y luego desplazados en planchones por el río Magdalena, hasta puertos de Barranquilla, Santa Marta”.
