Entre las irregularidades investigadas en el contrato de transporte escolar está que el servicio cubría municipios por fuera del departamento, como por ejemplo el municipio de El Paso, Cesar.
El Ministerio Público cuestionó la suscripción de los negocios jurídicos 503 de 2014 y 194 de 2015, sin contar con los estudios previos suficientes que analizaran a través de estudios de mercado, el valor de las raciones que requería le fueran provistas al departamento para atender el PAE.