Una de las primeras noticias de la existencia del Valle de Euparí las llevó un aventurero llamado Juan de Villafuerte, quien llegó a estos territorios con otros, huyendo por el atentado contra la vida de Rodrigo de Bastidas, el fundador de Santa Marta, porque una noche con varios compinches le dio puñaladas cuando éste dormía, a consecuencia de lo cual moriría al hacer travesía en un buque a Cuba, buscando un cirujano que atendiera sus heridas. En virtud de ello, su agresor se vino de huida a estas tierras. Después de saquearla, regresó a Santa Marta donde fue apresado por una condena a muerte de la Real Audiencia de Santo Domingo.
Después fue don Pedro Badillo quien incursionó por los planos selváticos del Valle de Euparí o Upar, por un año, llevándose cuantos esclavos chimilas pudo y algún oro de rancheo. Este conquistador le cambió el nombre al río Socuiga (“rico en peces” según el vocablo chimila) por el de su apellido Badillo. Como nota de su ambición y crueldad mandó a estrangular con la pena del garrote vil al capitán Fernán Bermejo, sin importar que mucho le hubiera servido de guía descubriendo aldeas de indios y sus bienes en lo más recóndito de la jungla del Valle de Euparí, sólo porque éste había simpatizado con Rodrigo Álvarez Palomino en la disputa que había tenido con el propio Badillo, por el dominio de los territorios de la gobernación de Santa Marta.
En 1529, el gobernador García de Lerma ordenó una nueva expedición hacia el Valle de Euparí, la cual se inició por la costa guajira. Este recorrido terminó en Tamalameque sin resultados mayores, salvo el sinnúmero de indios esclavizados que fueron vendidos en Las Antillas.
En 1531 vino un alemán, nacido en la Villa de Ulm, en representación de la Casa Welser de Augsburgo que como prestamista había dado dinero a los reyes de España, y que en pago de la deuda recibieron la autorización de descubrimiento y explotación de un territorio en América.
Tal conquistador fue Ambrosio Alfinger quien con tropas españolas y tudescas salió de Coro (Venezuela) buscando la ruta marina hacia el Perú (ya afamado por sus riquezas) metiéndose en el lago de Maracaibo, pero al encontrar el paso cerrado, tramontó la cordillera y por la Sierra de Perijá descendió a las planadas del río Zazare (Cesar) incursionando por el río Calancala (Ranchería), para después volverse a los poblados de Upar.
El revuelo de los gallinazos sobre la selva iba marcando la ruta de la masacre. Cientos de indios flecheros son abatidos por las armas de pólvora y el humo de la candela que se eleva, señala el paso de los asaltantes. Los perros de presa que trajo Alfinger se comían vivo a cuanto indio apresaran. Las manilas que anudaban a los apresados se devolvían a Coro para ser subastados como esclavos. A Upar, el cacique de chimilas, lo hicieron preso y como escarmientos a toda resistencia, fue condenado a la hoguera, pero el bautizo que sobre él hizo un fraile, le cambió la muerte por ahorcamiento. Después la expedición se fue a Tamalameque, el afamado país de Pocabuy, masacrando aldeas y esclavizando indios.
Cuando tiempos más tarde Alfinger intentó regresar a Coro por la región de Hacaritama (Ocaña), en el Valle de Cachirí, por los desfiladeros de Pamplona, le llegó la muerte en una flecha a la garganta, disparada por un indio citarero.
En 1542, el adelantado Fernández de Lugo mandó al Valle de Euparí al capitán Francisco Salguero con la idea de fundar un poblado. El primero de octubre de 1544 fundó una aldea a orillas del río Guatapurí, pero uno de los aventureros le disputa el derecho de la fundación. La Audiencia de Santo Domingo ventiló el proceso, pero nunca hubo fallo de tal pleito.
En 1550, el 6 de enero, el capitán Hernando de Santana, por mandato del Visitador Armendariz, levantó un acta de fundación escrita por Juan de Castellanos, el cronista andariego de la Conquista, que cargado de fama moriría como fraile en Villa de Leyva y cura beneficiado de Tunja.
Estos fueron los antecedentes de la fundación de la ciudad de los Santos Reyes del Valle de Upar.