El argentino dio un paso casi decisivo para hacerse con el trofeo de máximo goleador de España.
Lleva ahora 22 dianas, mientras que David Villa, que ha marcado 17, no jugó por una lesión.
Todos los tantos de Messi llegaron en la segunda parte (minutos 56, 81 y 83) y el primero fue el más espectacular, ya que se deshizo de su compatriota Ever Banega, Bruno Saltor y Angel de Dealbert, para batir al portero Cesar Sánchez por bajo.
El argentino fue sustituido en el minuto 88 por el marfileño Yaya Touré para recibir los aplausos del público.
El Valencia jugó con un hombre menos desde el minuto 69 por expulsión del holandés Hedwiges Maduro, que recibió la segunda amarilla tras una entrada a Messi, en la jugada siguiente a la mejor ocasión visitante, en que el serbio Nicola Zigic no supo resolver un mano a mano con el portero Víctor Valdés.