Manuel José Bonnet fue uno de los militares colombianos con mayor recorrido dentro de las fuerzas armadas, en la que se hizo acreedor del máximo rango; Comandante de las Fuerzas Militares.
A su vez, fue un humanista integral: Filósofo, historiador, e impartió las cátedras relativas a temas de seguridad y democracia en la Universidad del Rosario y la Universidad Militar. También durante el año 2010 fue el gobernador encargado del Magdalena. Fue a su vez comandante del Ejército, director de la Escuela Superior de Guerra, inspector general de las Fuerzas Militares y embajador en Grecia.
Tuvo a su cargo a las Fuerzas Militares en una de las etapas más críticas: Bajo sus órdenes tuvo que enfrentar la etapa más cruda del conflicto armado, donde dirigió importantes operaciones y fue pieza clave para alcanzar el acuerdo de paz con el M-19.
El general Bonnet también fue clave para la estabilidad de las Fuerzas Militares y del país durante la crisis del gobierno de Ernesto Samper por el escándalo del ingreso de dinero del narcotráfico en su campaña en 1994.
La historia era otra de sus pasiones, en varios libros y artículos de prensa interpretó el acontecer nacional, así como en la Universidad del Rosario, como investigador de las facultades de Ciencia Política y de Gobierno y de Relaciones Internacionales, en la Sergio Arboleda, CESA y en la Universidad del Magdalena.
Fue un férreo defensor del proceso de paz con las Farc.